《康熙情鎖金殿》順治初年，廣西定南王孔有德壹家慘遭殺害，惟獨孔有德之女孔四貞下落不明。孝莊皇太後下令全國州府全力尋找忠良之後。獨臂神尼（前明長平公主）為反清復明，利用朝廷尋訪孔四貞之機，命長相與四貞相似，才智過人、武功高強的愛徒朱嘉三假冒遺孤入宮，伺機暗殺順治。嘉三以四貞之名進宮後深得太後孝莊愛護，被收為義女並加封和碩公主，嘉三也與年幼的玄燁壹見投緣。嘉三的師兄袁天放心系嘉三，不惜凈身為太監入宮保護嘉三。
深宮大內看似繁華，卻步步兇險，宮廷鬥爭不斷。順治帝因董鄂妃之死，痛不欲生出家為僧，將皇位傳給了聰慧過人的三阿哥玄燁。從此拉開了長達六十壹年的康熙王朝統治時期的序幕。初登大寶，康熙面臨重重危機：壹方面鰲拜持權自重意圖逼宮篡位，另壹方面平西王吳三桂蠢蠢欲動。在嘉三、天放等人的幫助下，康熙終於鏟除鰲拜親掌政權。嘉三冒充孔四貞進宮後非但沒有完成使命，還成了康熙最親近的人，處處保護著他。在生死與共的歲月中，嘉三早已拋棄個人恩怨真誠地輔佐康熙，並與康熙情鎖金殿。康熙獲太皇準許準備娶嘉三為後，大婚在即，兵權在握的廣西將軍孫延齡受小人明珠指使要挾朝廷，稱與孔四貞有指腹婚約希望履行，與此同時，帝師伍次友巧遇心儀已久的孔四貞，然而她卻是獨臂神尼藏匿的真正的孔家遺孤，使本就難解的謎團更加錯綜復雜。
嘉三不得已同意嫁到廣西，卻發現自己已懷孕。獨臂神尼看此情形後，只好讓四貞回復原本身份，代替嘉三出嫁。康熙與太後等人覺得四貞與之前判若兩人，以為是為婚約之事而改變。康熙迫於大局忍痛割愛，立索額圖的侄女為皇後。四貞只身遠嫁廣西。皇帝大婚當晚，嘉三生下壹子，皇上為其取名思道。皇上欲立嘉三之子為太子，嘉三以大局為重獨自帶著孩子離開了京城，又以民族大義、國泰民安之勢開解師傅獨臂神尼，勸師傅拋棄個人恩怨，以天下蒼生為重，獨臂神尼心有所動。
被伍次友所救的康熙乳母之侄納蘭明珠，為求權勢手段用盡，將久別重逢的妹妹納蘭慧培養成大家閨秀送入宮中希望得寵，明珠之妹雖被封為惠妃，但康熙卻被蒙古格格阿秀打動，並封其為貴妃。
自康熙即位初期，“削藩、治河、平定叛亂”就是其心中頭等重要的三件大事。康熙日理萬機，時至多年吳三桂等“三藩”仍擁兵自重，還積極拉攏皇上身邊的親信之人意圖謀反；明後裔朱三太子也趁機舉起“反清復明”的大旗；蒙古葛爾丹叛亂；江河洪水肆虐，災民流離失所。最終以四貞親手殺夫為代價平定三藩，康熙又以周培公之計全面消滅葛爾丹的余部，完成了中華民族版圖的統壹。
經歷了種種磨難之後，四貞心灰意冷將女兒喜兒托付給嘉三後遁入空門。嘉三更加明白她與皇上是永遠難以走到壹起的。因此她只能默默關註著皇上、關註著朝廷。四貞心力交瘁，病魔纏身，離世後，她的靈魂卻飛回到到嘉三身邊，依依不舍，不願意離去。想想兩人姐妹壹世，情同手足，經歷過那麽多人世間的酸甜苦辣、悲歡離合不禁令人希噓不已。
轉眼間數十年過去了，國家在康熙的治理下天下天平、國富民強，壹片盛世景象。可康熙的幾位阿哥之間卻為爭權奪利勾心鬥角，鬥爭不斷。太子與權臣結成同黨，意欲提前即位。康熙廢除太子，引發奪嫡之爭，八阿哥結營私黨，勢力過大，野心勃勃意圖稱儲，康熙早已心知肚明，命親信傳旨不會立八阿哥為太子，並恢復了太子的身份，可太子始終難成氣候，康熙再度廢儲心力交瘁，下令不再立太子。幸虧時時關註朝廷動態的嘉三早已將兒子鄔思道培養成好謀士暗中幫助皇上，嘉三指出好皇孫可保大清三世昌盛，她命兒子思道和四貞的女兒喜兒壹起輔佐四阿哥。
康熙彌留之際終於再見到嘉三，並與鄔思道父子相認。康熙六十壹年十壹月十三日（1722年12月20日），在位六十二年的康熙逝於暢春園，走完了他偉大輝煌的壹生，也為他與嘉三的曠世之戀畫上了圓滿的句號。
