E.U.聯盟和布裏塔利亞帝國曠日持久的戰爭在皇歷2010年發生轉機,帝國派出壓倒性的兵力突襲遠東日。在很短的時間內,日本這個國家不復存在,從此作為“11區”寫入歷史。舊日本人民流往世界各地,飽受歧視,心中滿是憤懣和不甘。2017年,E.U.聯軍132部隊向聖彼得堡挺進,但遭到帝國軍隊的圍困,面臨全軍覆沒的危險。聯軍少校蕾拉·瑪露卡爾(阪本真綾 配音)將舊日本青年組成非正規軍W Zero部隊,並提出以這支部隊營救132部隊的建議。但是在最為兇險的前線,他們不過肩負著犧牲自己來營救友軍的悲哀命運。慘烈的對決過後,W Zero部隊的中尉日向瑛鬥(入野自由 配音)成功完成任務。
而戰爭還遠遠未曾結束,新的陰謀與危機浮出水面……