這是一部軍旅題材電視連續劇，全劇30集。改編自南京軍區政治部前線話劇團的同名話劇。這部電視劇和一般軍旅題材不同的是，該劇不是發生在兵營，而是發生在商戰。編劇、導演從1999年起，就先後深入江蘇、浙江、河南等多家由複轉軍人創辦的制藥企業進行採訪，積累了大量生動的資料，記錄下了許多感人的故事。嚴格來講《兵心依舊》不能算是純粹的軍事題材戲，而是一部社會題材作品。從創作的第一天起，主創人員就把它作為與現役軍人有著緊密關係的主題來講述的，把它看做軍事題材的延伸和拓展，從另一個側面去揭示軍人生活，展現軍人品格和精神。
一排長陳之江、衛生員周淩雲、指導員何甯聲和女護士馮笑冰四人是從硝煙彌漫的戰場上殺出來的戰友。在最危險的時刻，他們曾把死的威脅留給自己，把生的希望留給他人，最終沿著用紅葉做成的路標找到了突圍的方向。
周淩雲傷殘退伍，被分到地方上一家合資藥廠，當上了廠長。幾年後陳之江也轉業，看在老戰友的份上，周淩雲把陳之江安排在藥廠當了副廠長。由於是中日合資企業，用人上日方也要參預意見，周淩雲推薦自己的戰友到廠裏來任職，日方代表騰野親自出馬對陳之江進行考核。
沒想到，本來對醫藥並不瞭解的陳之江面對騰野的故意刁難從容應對，騰野暗自佩服這位打過仗負過傷的軍人是個幹企業的人才，同意陳之江進廠工作，擔任副廠長。
由於不懂管理，陳之江開始管後勤，後來又跑市場銷售。為了儘快適應新行業，他利用業餘時間學習中醫藥學和企業管理。
一次，某地區出現甲肝大流行，市場上急需大量板蘭根沖劑，而此時日方總部突然要求增加板蘭根出口量，並提出額外出口的板蘭板沖劑每噸增加五百美金，要求當天夜裏就裝船發運。為做成這筆生意，周淩雲找到已轉業到市外貿局工作的陳之江的愛人馮笑冰，馮笑冰正好也想在單位上有一個好的業績，積極與海關、商檢、海運等部門進行聯繫，終於辦妥了出關手續，騰野也十分高興。
但就在板蘭根要出庫裝船時，卻發現庫存的所有板蘭根沖劑全部運走了。周淩雲十分生氣，一追問才知道，是陳之江發到了甲肝病流行區。原來，就在周淩雲他們為增加出口跑前跑後的時候，甲肝流行地區衛生部門派人來到廠裏緊急救援，陳之江感到人命關天，就先斬後奏。為此陳之江與周淩雲、馮笑冰、騰野等人發生激烈衝突。
陳之江最終不想讓周淩雲為難，離開了廠子。一對在戰場上的生死戰友卻在商場上分道揚鑣。妻子馮笑冰與陳之江也因此在情感上產生了隔閡。
丟了工作的陳之江不服氣，想自己辦藥廠，但沒資金、沒技術、沒產品，談和容易。於是陳之江在周淩雲的藥廠門口擺起地攤賣起了餃子。這時陳之江和周淩雲的老指導員，團政委何甯聲正好也轉業了。他帶著兒子何明聰一起來到了陳之江的餃子攤，把十幾萬元轉業安家費交給陳之江，表示要與他一起重新創業。
何甯聲的兒子在北京上學，學的是中醫藥，他告訴陳之江，自己的導師顧詩行手裏有一個祖傳秘方，“心舒飲”是一種治療心血管病有奇效的秘方，如果能把這個祖傳方子拿到手，開發成中成藥，市場前景將非常可觀。
陳之江決定上北京求秘方。而此時，周淩雲的企業也不好過，由於沒有自主研發的新藥產品，老產品板蘭根沖劑已沒有銷路，他也在尋找開發新產品的路子。騰野是研究商務資訊情報的，早就在研究和收集中國民間醫藥方劑資源，他告知周淩雲只要能去北京把顧詩行的秘方買到手，日方願全額投資開發新藥。
在北京，陳之江與周淩雲不期而遇，又都是到老中醫顧詩行家來求秘方。周淩雲帶著三百萬元的現金，而陳之江卻兩手空空……
