《純白交響曲》同樣有著一個以學園為舞臺的故事背景，就讀於私立各務臺學園的男主角瓜生新吾，是一個為人著想並愛操心別人事情的平凡高中二年級生，因為私立各務臺學園將於明年四月和名門女校結姬女子學園預定合並，所以在合並前期，瓜生新吾將和數十名各務臺學園的學生被選為試験性地前往結姬女子學園上學。雖然在結姬女子學園等待新吾的是多個擁有不同個性的少女們，但本身習慣於女校生活的她們卻顯得對男生有拒絶的反應...
