故事發生在並不遙遠的未來，X戰警遭遇了史上最大的生存危機，他們必須回到過去拯救自己的命運。X戰警也許在我們這個時代，是有著最先進基因的生物，但在不久的未來，他們都被“特拉斯克工業”創始人玻利瓦爾·特拉斯克所制造並指揮的新型特種戰鬥機器人“哨兵”機器人所獵殺，並有著被滅絕的危險。
哨兵機器人可以檢測出任何形式的變種類型，而他們的基因則能夠讓他們瞬間變換和改造自身，從而擊敗X戰警。這使得X戰警的唯壹希望，便是回到過去，在特拉斯克的研究最終導致他們的滅絕之前，改變歷史。
利用幻影貓凱蒂的能力，金剛狼羅根的意識穿越時空開始了這個艱辛的旅程。這壹次，他必須聯合年輕的變種人領袖X教授，以及他壹生的對手萬磁王，去找到魔形女以及其它壹些變種人，並阻止特拉斯克。時間已經迫在眉睫，在過去，亦在未來，X戰警同哨兵機器人的大決戰即將展開。
